TEORA Collection: Mastergradsoppgaver i natur-, helse- og miljøvern

Kartlegging av grunnvarmepotensialet i Seljord : hydrologisk kartlegging av et infiltrasjonsmagasin : transient 3D modellering

Mon, 29 Oct 2007 22:58:59 GMT

Title: Kartlegging av grunnvarmepotensialet i Seljord : hydrologisk kartlegging av et infiltrasjonsmagasin : transient 3D modellering

Authors: Dyrud, Ingrid Flatland

Abstract: NORSK SAMMENDRAG: I denne masteroppgaven er det gjort hydrogeologiske undersøkelser i et grunnvannsmagasin i Seljord, Telemark. Formålet med undersøkelsene var å finne potensialet for uttak av grunnvarme. Det er foretatt georadarmålinger, boringer, og analyser av boreprøver. I ni undersøkelsesbrønner er det målt temperaturer og grunnvannsnivå på 5, 10 og 20 meter dyp. Målingene har blitt foretatt fra 3.mai til 23. november 2007. Registrering av fluktuasjoner i vassdraget rundt akviferen har blitt foretatt i samme periode. Dataene har blitt brukt til å utvikle en sedimentologisk modell og til å bygge en tre dimensjonal grunnvannsmodell for simulering av grunnvannsstrømning og varmestrøm. Det er brukt finite element modellen FEflow 5.3. Det er gode samsvar mellom observerte og simulerte verdier. For vurdering av uttakspotensialet er det utarbeiddet et transmissivitetskart og et temperatursenkningskart for 15 til 20 meter der temperaturen er stabil i området ved 7-9 °C. Resultatene viser at det er mulighet for store pumpekapasiteter, at det er optimale temperaturer for bruk av grunnvarme. Det er gjort et kart som viser grunnvarmepotensialet (kW) i ulike områder. ENGLISH SUMMARY: In this master thesis groundwater surveys in an aquifer in Seljord, Telemark, Norway have been done. The purpose of this work is to find the potential for utilization of ground heat from the aquifer. Field surveys have been ground penetrating radar, drillings and sediment analysis. Nine monitoring multilevel wells have been established and groundwater temperatures and heads from 5, 10 and 20 meter depth have been recorded. Temperatures and water level from surrounding rivers and lakes were also recorded. To obtain this a sedimentological model and a 3D groundwater flow and heat flow model have been made. The finite element model FEflow 5.3 was used. There is a good correspondence between observed and simulated results. To evaluate the groundwater heat potential, there are made maps of transmissivity and possible temperature lowering and pumping capacity from depth of 15-20 meter, where the temperatures are stable at 7-9 °C. The results show possibilities for huge pump capacities and optimal groundwater temperatures for use of the groundwater heat. It is made a map that shows the potential of ground heat in different areas.

PFGE og spatyping av meticillin resistente Staphylococcus aureus

Sun, 29 Oct 2006 22:58:59 GMT

Title: PFGE og spatyping av meticillin resistente Staphylococcus aureus

Authors: Ambjørnsen, Inger Karine

Abstract: Pulsfeltgelelektroforese (PFGE) er den mest vanlige typingsmetoden ved epidemiologiske undersøkelser av meticillin resistente Staphylococcus aureus (MRSA). Pulsfelttyping er også benyttet i denne studien som innbefattet 251 isolater fra syv fylker i Norge fra perioden juli 2000 til juli 2005. Metoden i denne studien er videreutviklet fra en nordisk protokoll, som tidligere ble benyttet ved as Telelab. Analysetiden er redusert med en dag og bruken av et helseskadelig kjemikalie, phenylmethylsulfonylfluoride (PMSF) er fjernet. I denne studien lot 234 av disse 251 isolatene seg type, og de fordelte seg på 25 pulsfelttyper. Åtte av pulsfelttypene som ble detektert i dette materialet, var identiske eller hadde likheter til åtte internasjonale epidemiske stammer. Disse stammene ble også påvist i en norsk studie fra 94-98. I denne studien var det dominans av en, og denne stammen var identisk til en europeisk klon som i Norden har fått betegnelsen DK E97-1. Det er en community stamme med SCCmec type IV, og som er resistent bare mot meticillin. Andelen av MRSA infeksjoner som har oppstått utenfor sykehus, såkalte community stammer har vært økende etter år 2000. Dette tyder på at MRSA populasjonen i Norge er blitt mer homogen sammenlignet med situasjonen før 2000 da det ikke var noen dominante kloner i Norge. Et utvalg av MRSA stammer som var blitt pulsfelttypet, ble også spatypet. Den repeterende regionen i protein A (spa) genet i hver av disse stammene ble sekvensert. Den diskriminerende styrken til spatyping ble lavere enn den diskriminerende styrken til pulsfelttyping i denne studien. Spatyping differensierte ikke mellom isolater som var nært beslektet med hverandre med en eller to bånds forskjell innen pulsfelttype T1. De ulike isolatene ble spatypet til å være identiske spatyper. Det er usikkert om den diskriminerende styrken til spatyping også er lavere enn pulsfelttyping for de resterende pulsfelttypene i denne studien.; Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is the most common genotypic method used for epidemiologic studies of methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). This method was used in this work for typing a selection of 251 MRSA strains isolated in seven counties in Norway throughout the period July 2000–July 2005. The employed method is based on a Nordic protocol utilized earlier at as Telelab, but further improved for use in this work. In this study it has been shown that phenylmethylsulfonylfluoride (PMSF) can be eliminated from the procedure, and that sample preparation can be reduced to four days without loss of data quality. 234 of the 251 MRSA isolates included in this study could be typed. These 234 isolates were classified into 25 different PFGE classes. Eight of the pulsed field types detected in this material were identical or similar to eight international epidemic strains. These strains were also detected in a Norwegian study from 94-98. One of them has been dominating in this study, and this strain was identical to a European clone. In the north countries in Europe it is given the name DK E97-1. It is a community strain with SCCmec type IV, which codes only for methicillin resistance. These results indicate that the MRSA population in Norway has become more homogeneous compared to MRSA population before the year of 2000 at which time there war no dominant clone in Norway. One result from this study also indicates that the proportion of community MRSA infections has been increasing in the period after the year of 2000 in Norway. A selection of the MRSA strains that were pulsed-field typed, was also spa typed. The repeat region of the S. aureus protein A (spa) gene in each of these strains was sequenced. The discriminatory power of the spa typing was less than the discriminatory power of the pulsed-field typing. The method of spa typing did not differentiate between isolates belonging to the pulsed-field type T1 that was closely related with one or two fragments difference in the pulsed-field pattern. These different strains were spa typed to be identical spa types. It is uncertain if the discriminatory power of spa typing is law for the remaining pulsed-field types in this study.

Listeria monocytogenes i lakseprodukter : utprøving av ulike påvisningsmetoder

Mon, 29 Oct 2001 22:58:59 GMT

Title: Listeria monocytogenes i lakseprodukter : utprøving av ulike påvisningsmetoder

Authors: Sæbø, Mona; Klæboe, Halvdan

Abstract: To lokaler (A og B) som produserer ferske laksefileter og røykelaks ble undersøkt med hensyn på Listeria-bakterier i miljøet. Prøvene er tatt av fiskeavkutt fra utvalgte foredlingsmaskiner. I tillegg ble det foretatt utprøving av ulike metoder. For påvisning av Listeria spp. ble det brukt en tradisjonell metode med oppformering i næringsbuljong og sekundært utstryk på selektive agarskåler i henhold til NMKL 136 2. utgave 1999. CAMP-test ble brukt til å verifisere L. monocytogenes. Resultatene ble brukt som referanse ved sammenligning med andre metoder. Det ble gjennomført totalt 441 analyser fordelt på de to produksjonslokalene. Fra lokale A ble det analysert 252 prøver. 97 av disse var fra ubehandlet fisk, mens 155 var fra røyket fisk. I den røkte fisken ble det påvist L. monocytogenes og L. spp. i henholdsvis 15% og 16% av prøvene. I den ubehandlede fisken ble det påvist L. monocytogenes og L.spp. i henholdsvis 66% og 13% av prøvene. I lokale B ble det analysert 189 prøver fra ferske laksefileter. L. monocytogenes og L. spp. ble påvist i henholdsvis 33% og 11% av prøvene. Det ble i alt foretatt syv analyseserier fra uke 6 til uke 37, 2001. I uke 6 ble det i lokale A påvist L. monocytogenes i 59% av prøvene og L. spp. i 22% av prøvene. I første analyseserie i lokale B (uke 8) ble det påvist L. monocytogenes i 63% av prøvene, men det ble ikke funnet L. spp. Bedriften har i løpet av perioden foretatt ulike hygieniske tiltak for å bedre lokalenes sanitære forhold. Analysene tyder på at tiltakene har hatt en viss effekt. Micro-ID® Listeria er en verifiseringstest som skiller de ulike Listeria-artene. Den brukes i kombinasjon med hemolyse og CAMP-test. Testen ble brukt på 28 isolater. L. monocytogenes ble påvist i 21 prøver og i 6 prøver ble det påvist L. innocua. En av isolatene kunne ikke artsbestemmes. Micro-ID® Listeria kan være et alternativ til vanlige sukkerforgjæringstester og andre biokjemiske enkelttester. VIP-Listeria er en testbrikke som identifiserer L. spp. Ved positivt resultat må prøvene verifiseres med andre metoder for å påvise L. monocytogenes. Testen ble brukt på 18 prøver. I en av prøvene viste VIP-Listeria et falskt negativt resultat. Det ble undersøkt om oppformering med Fraser-buljong kan brukes til VIP-Listeria testen. Det ble undersøkt 33 prøver. Resultatene viste av denne oppformeringsprosedyren ikke er egnet for VIP Listeria. Rapid L'mono, et selektivt kromogent medie, ble brukt parallelt med Oxford- og PALCAM-agar på 80 prøver. Mediet skiller L. monocytogenes, L. ivanovii og L. spp. Med Rapid L’mono ble det isolert L. monocytogenes fra en prøve der det kun var funnet L. spp. med NMKL 136. Rapid L’mono er et pålitelig og arbeidsbesparende medie som kan ha fordeler fremfor tradisjonelle medier i de tilfellene der L. monocytogenes er i mindretall i blandingskulturer. Det ble foretatt en funksjonstest av ProbeliaTM Listeria. Testen baseres på polymerase chain reaction (PCR) og verifisering med ELISA. Metoden kan påvise L. monocytogenes etter ett døgn. 20 prøver infisert med L. monocytogenes og 20 negative prøver ble testet. L monocytogenes ble korrekt påvist i alle de infiserte prøvene, de ikke-infiserte prøvene gav ikke utslag.; Two processing plants (A and B) producing fresh and smoked salmon were tested with respect to occurrence of Listeria in the production environment. A total of 441 samples were examined. At location A, 252 samples were examined, of which 97 were taken from unprocessed fish and 155 from cold-smoked fish. In the unprocessed fish L. monocytogenes and L. spp. was present in 66% and 13% of the samples respectively. For smoked fish, comparative values were 15% and 16%. At location B, 189 samples were taken of unprocessed fish. At this location, L. monocytogenes and L. spp. was present in 33% and 11% of the samples respectively. From week 6 to 37, 2001, a total of seven analyses were conducted. In week 6, analyses were done at location A showing the presence of L. monocytogenes in 59% of the samples and L. spp. in 25% of the samples. In the first analyses at location B in week 8, the presence of L. monocytogenes was found in 63% of the samples. No presence of L. spp. was found at this stage. During the test period, management at the processing plant initiated various hygiene precautions to improve the sanitary situation. In the testing for Listeria spp. the traditional method of growth in nutritional broth and application to selective agar dishes was employed according to standards in NMKL 136, 2. ed. 1999. The CAMP-test was used for verification of L. monocytogenes. The results were used as a reference when comparing with other isolation methods. Micro-ID® Listeria is a method of verification that differentiates between the various species of Listeria. The method is used in combination with hemolyse and CAMP-tests. The method was used on 28 isolates. L. monocytogenes was verified in 21 samples and L. innocua in 6 samples. VIP Listeria is a test application to identify L. spp. A total of 18 tests were completed. In one sample, VIP Listeria showed a false negative result. The study investigated the possibility of using the same enrichment protocols for the VIP-Listeria as used for Oxford- and PALCAM-agar. Results indicated that this procedure was not usable. Rapid L’mono, a selective chomogenious agar dish, was used parallel to Oxford-agar, PACAM-agar and CAMP-test on 80 samples. This medium differentiates between L. monocytogenes, L. ivanovii and L. spp. In this medium, L. monocytogenes develops blue color and is easy to distinguish from other Listeria species. With the use of Rapid L’mono, the test managed to isolate L. monocytogenes from a sample whereas L. spp. was detected by the NMKL 136. A functional test was done of Probelia TM Listeria. Twenty negative samples and 20 samples infected by L. monocytogenes were tested. All tests showed a correct result.

Endringer i vannkjemi og krepsdyrfauna i Lifjellområdet, Telemark (1979-2005)

Sat, 29 Oct 2005 22:58:59 GMT

Title: Endringer i vannkjemi og krepsdyrfauna i Lifjellområdet, Telemark (1979-2005)

Authors: Hvalgård, Jens Kristian; Dahl, Kristian

Abstract: Denne mastergradsoppgaven går ut på å studere endringer i vannkvalitet og krepsdyrfauna i Lifjellområdet som ligger i Telemark fylke i Sør-Norge, og ble utført sommeren 2005. En liknende undersøkelse ble gjort i 1979 (Spikkeland 1980), og danner grunnlaget for denne undersøkelsen. De undersøkte lokalitetene viser stor variasjon i vegetasjon, topografi og høyde over havet. Berggrunnen i området er dominert av næringsfattig kvartsitt. Det undersøkte området består hovedsaklig av bart fjell og et skrint løsmassedekke, mens enkelte lavereliggende lokaliteter har tykkere, og mer sammenhengende løsmasser. Prøvetakingen foregikk i periodene juni/juli, august og august/september. Vannprøver og pelagiale håvtrekk ble gjort på det åpne vannspeilet. Ved innsamling av littorale krepsdyr ble det lagt vekt på representativitet fra ulike vegetasjonstyper og bunnforhold. For å studere endringene siden 1979 ble det brukt hypotesetester og Detrended Correspondence Analysis (DCA). Konsentrasjonen av organisk stoff i lokalitetene viste en signifikant økning (P < 0,001). Dette tilskrives til dels kalking og til dels en mulig endring i klimatiske forhold. Økning i pH (P = 0,014) ble registrert i tilnærmet samtlige lokaliteter, noe som skyldtes kalking og reduksjon i langtransportert forurensing. Lifjellområdet har, sammenliknet med resultatene fra Spikkeland (1980), fortsatt lav bufferkapasitet, med liten eller ingen motstandsevne mot forsuring. Kalka vann viste en moderat bedring i alkalitet. De høyeste konsentrasjonene av aluminium ble observert i lokaliteter med pH < 6,0, noe som henger sammen med at løseligheten til aluminium er sterkt avhengig av pH. Høy konsentrasjon av reaktivt aluminium var ikke synonymt med høy konsentrasjon av labilt aluminium. Dette skyldtes høy konsentrasjon av organisk materiale som danner kompleksbindinger med aluminium. Ioneinnholdet i Lifjellområdet var generelt lavt med unntak av natriuminnholdet som var relativt høyt i enkelte lokaliteter. Påvirkning av sjøsalter kan være av betydning. Konsentrasjonen av kalsium var høyere i 2005 (P = 0,042), spesielt i kalka vann. Innholdet av magnesium i lokalitetene var lavere i 2005 (P = 0,042). Dette skyldtes trolig langtidspåvirkning av sur nedbør. Det ble totalt registrert 46 krepsdyrarter (31 arter vannlopper og 15 arter hoppekreps) i 2005. Spikkeland (1980) påviste 36 arter (25 arter vannlopper og 11 arter hoppekreps). De høyeste artsantallene ble observert i lavereliggende lokaliteter. Antall pelagiale og pelagiallittorale arter i lokalitetene varierte mellom tre og ni begge år. Både i 2005 og 1979 var Bosmina longispina, Holopedium gibberum, Cyclops scutifer og Heterocope saliens de vanligste krepsdyrartene i pelagialen. Forskjellen i artsantall i littoralen mellom 2005 og 1979 var større enn i pelagialen. I 2005 varierte artsantallet i littoralen mellom 12 og 23, mens det i 1979 varierte mellom sju og 19. Økningen i innholdet av organisk materiale og bedringen i pH ser ut til å være faktorer som kan ha hatt betydning for artsantallet og forekomsten av forsuringsfølsomme arter. I hovedsak ble littoralsamfunnet i 2005 dominert av Bosmina longispina, men i enkelte tilfeller kunne også Polyphemus pediculus og Alonopsis elongata dominere littoralen. Blant hoppekrepsene var Heterocope saliens og Eucyclops serrulatus de vanligste artene. I Spikkeland (1980) var Bosmina longispina, Alonopsis elongata, Chydorus spharicus og Polyphemus pediculus de vanligste artene i littoralen. I 2005 ble det registrert seks krepsdyrarter som regnes for å være forsuringsfølsomme. Enkelte av disse funnene, for eksempel Mixodiaptomus laciniatus som ble påvist i tre lokaliteter, er regnet som en indikator på bedret vannkvalitet i form av økt pH. Andre funn, for eksempel Ophryoxus gracilis og Eucyclops macrurus i lavereliggende lokaliteter, knyttes i større grad til endringer i konsentrasjonen av organisk materiale enn til endringer i pH. DCA-ordinasjonene for artsdata fra 2005 og 1979 viste at høyde over havet (r = 0,91) og temperatur (r = -0,78) korrelerte med 1. aksen. Denne aksen korrelerte negativt med artsantall (r = -0,68), noe som betyr at de ovennevnte parameterne i stor grad var viktig i forbindelse med artsantallet i lokalitetene. Akse 2 som korrelerte med pH (r = -0,62) indikerte en økning i artsantall. Dette var spesielt tydelig i kalka lokaliteter. I DCA-ordinasjonen med kun sammenslåtte data fra 2005 viste også innhold av organisk materiale seg som en faktor som kunne påvirke artsantallet (r = -0,76) i tillegg til høyde over havet (r = 0,85) og temperatur (r = -0,80). Akse 2 korrelerte godt med pH (r = 0,71). Det er imidlertid vanskelig å avgjøre hva 2. aksen beskriver, men det kan se ut som den sier noe om artssammensetning.; The main objective of this investigation was to study changes in water chemistry and the crustacean community of a sample of lakes in the Lifjell Mountains, Telemark County, southern Norway, summer 2005. A similar investigation was conducted in 1979 (Spikkeland 1980) and provides the basis of comparison for this investigation. The study sites varied considerably with regards to vegetation, topography and altitude. The bedrock, mainly quartzite, is primarily covered by a shallow soil layer, while lower-lying areas consist of a more continuous soil layer of greater thickness. Samples were collected in June /July, August and August/September. Water samples and pelagic crustaceans were collected from the pelagic zone. Littoral crustaceans were collected along the shoreline from vegetation and substrate of varying character. Detrended Correspondence Analysis (DCA) and test of hypotheses were used to examine possible changes since 1979. All study sites showed a significant increase in levels of organic material (P < 0.001). This was partial due to liming, though climatic changes may have been of some importance. A rise in pH (P = 0.014) was recorded in almost all study sites, and was probably a result of liming and reduction of long-range transport of acid emissions. Like Spikkeland’s (1980) results, the study site samples showed low or no buffer capacity, with poor ability to resist acidification. However, limed lakes showed a slight improvement in alkalinity. The highest concentrations of aluminum were recorded in lakes with pH < 6.0. This is related to the solubility of aluminum which is strongly pH-dependant. A great amount of reactive aluminum was not synonymous with correspondingly high concentrations of labile-aluminum. This was due to high concentrations of organic material that can form complex bonds with aluminum. Concentrations of ions in the lakes were generally low, though relatively high concentrations of sodium (0.90-1.50 mg/l) were recorded in some lakes, possibly a result of marine salt deposits. A rise in concentrations of calcium (P = 0.042) were observed, particularly in limed lakes, while magnesium levels were lower (P = 0.042), probably due to long-term influence of acid precipitation. In all, 46 species were recorded including 31 cladocerans and 15 copepods. Spikkeland (1980) found 36 crustaceans including 25 cladocerans and 11 copepods. The number of species was highest in lowland lakes. The number of pelagic and pelagic littoral species in lakes was found to vary from 3 to 9 in both studies. Bosmina longispina, Holopedium gibberum, Cyclops scutifer and Hetrocope saliens were, as in Spikkeland (1980), the most common pelagic crustaceans recorded. Differences in species number between 2005 and 1979 were most visible in the littoral community. The number of littoral species in 2005 varied from 12 to 23, and in 1979 from 7 to 19. Rised levels of organic material and an increase in pH seem to be of importance for species richness and the presence of acid-sensitive species. The littoral community was mainly dominated by Bosmina longispina, and in some cases Polyphemus pediculus and Alonopsis elongata. Among copepods, Heterocope saliens and Eucyclops serrulatus were the most common. In Spikkeland (1980) Bosmina longispina, Alonopsis elongata, Chydorus spharicus and Polyphemus pediculus were the most common littoral crustaceans recorded. Six of the species recorded in 2005 were considered to be acid sensitive including Mixodiaptomus laciniatus which was found in 3 lakes, and whose presence often indicates improved water quality due to increased pH. Records of other acid-sensitive species, e.g. Ophryoxus gracilis and Eucyclops macrurus in low-land lakes, are considered to be a result of changes in concentrations of organic material rather than changes in pH. The DCA-ordination on species data of 2005 and 1979 resulted in a strong correlation between the first axis and the two environmental variables altitude (r = 0.91) and temperature (r = -0.78). This axis was correlated with species number (r = -0.68) in lakes, indicating a relationship between altitude, temperature and species number. The second axes was correlated to pH (r = -0.62), indicating a relationship between pH and increased species number. This was most visible in limed lakes. Results of the DCA-ordination on exclusively 2005 data suggested that organic material (r = -0.76), in addition to altitude (r = 0.85) and temperature(r = -0.80), was of importance for species number. The second axis was strongly correlated to pH (r = 0.71), a relationship that seemed to be associated with species composition.