Instituttets hovedmål er å drive forskning av topp kvalitet innenfor instituttets tre forskningsgrupper:

1. Marin geologi og geofysikk
2. Sedimentologi
3. Berggrunnsgeologi

• Innen Marin geologi og geofysikk vil instituttet arbeide målrettet for å skape et nasjonalt tyngdepunkt i marine geofag. Instituttet har et strategisk universitetsprogram innen dettet feltet.
• Innen Sedimentologi og kvartærgeologi vil instituttet konsolidere virksomheten omkring sedimentære prosesser, paleomiljø/miljøgeologi samt karbonatsedimentologi.
• Innen Berggrunnsgeologi vil instituttet arbeide målrette for å skape et nasjonalt tyngdepunkt for petrologisk forskning i Tromsø i tilknytning til laboratoriet i eksperimentell petrologi.

Instituttet vil

• videreutvikle et utstrakt internasjonalt, bl.a. ved organisering og deltakelse i internasjonale program og konferanser.
• videreutvikle forskningssamarbeidet med EU, Russland, USA og Korea.
• styrke samarbeidet med næringslivet - spesielt petroleumsindustrien.
• styrke forskningsaktiviteten i Nordområdene og Arktis.
• arbeide aktivt for at UiTø får tilgang til et godt egnet forskningsfartøy for arktiske farvann.
• styrke samarbeidet med randinstitusjoner i nordområdene, herunder Polarmiljøsenteret, Norsk Polarinstitutt og UNIS.
• arbeide for at det opprettes en stilling i glasiologi.