Hovedoppgaver i Bioinformatikk

• Ingvar Eidhammer, førsteamanuensis
• Inge Jonassen, post doc
• Kjell Petersen, stipendiat
• Willie Taylor, professor II (Adjunct faculty member)

Ledige oppgaver

Pågående oppgaver

• Evolusjonstrær (Jan Arne Telle, Magnús M. Halldórsson, Inge Jonassen)
• Analyse av gen-uttrykkingsdata (Inge Jonassen)
• Parallellisering av programmet Pratt (Inge Jonassen, Ingvar Eidhammer)
• Grafisk brukergrensesnitt til mønsteroppdagingsprogrammet Pratt (Khalid Mughal, Inge Jonassen)
• A divide and conquer approach to the radiation hybrid mapping problem (Ingvar Eidhammer, Carsten Helgesen)
• Classification of protein structures using self organizing nets (Ingvar Eidhammer)
• Iterative improvements of multiple alignments (Ingvar Eidhammer, William Taylor)
• Using an artificial neural network to evaluate a protein structure within the zinc-finger family (Ingvar Eidhammer, Kjell Petersen)
• Finding an optimal structure for proteins in the zinc-finger family by means of heuristic search algorithms (Ingvar Eidhammer, Kjell Petersen)
• Comparison of structure classification systems (Ingvar Eidhammer)
• Querying of data sources distributed by means of CORBA (Carsten Helgesen, Khalid Mughal)

Avsluttede oppgaver:

• Multippel sammenstilling av proteinsekvenser. Parallelle algoritmer imple mentert på MasPar.
• Gjenkjenning av strenger som tilnærmet tilhører et kontekstfitt språk.
• Reviewing some string searching problems as constraint satisfaction problems.
• Multippel sammenstilling av proteinsekvenser ved søk med simulert strøkning.
• Structure prediction of the zinc-finger protein family by the use of a parallel genetic algorithm.
• Optimal lokal multippel sammenstilling av DNA-sekvenser ved hjelp av parallell branch-and-bound.
• Implementering av et restriksjonsbasert system for søking etter strukturer i biologiske sekvenser.