Hjemmeside for kurset
I282 - Bioinformatikk

Forfatter	Tittel	Kode	Pensum
Setubal / Meidanis	Introduction to Computational Molecular Biology	PB	Kap 1-6, 8-9
Eidhammer	Førelesninger i I282 Bioinformatikk (kompendium)	K	Kap 1-8, 10-14, 17-23
Ostle	Statistics in Research	OS	Utdelt utdrag av kap 3-5,7
Winston	Artificial Intelligence	WI	Utdelt utdrag av kap 4-5
Aasland	Introduksjon til Molekylærbiologi	-	Utdelte notater
-	-	-	Gruppeøvelsene

Setubal kap 3.5.1 (formel 3.12 må kunne forklares)
Eidhammer kap 1.1, 1.3-1.6 (merk at indeksene i matrisene er omsnudd i forhold til presentasjonen i Setubal), kap 2, 3

Eidhammer kap 4-8 (8.2.3 og 8.2.4 er kursorisk), 10 (dei 5 siste linjene side 55 skal strykes, det samme skal eksempelet side 61)
(Databasesøk er også behandlet i Setubal 3.5.2-3.5.3)

Setubal kap 6 (6.3 er kursorisk, Teorem 6.4 og 6.5 utgår, det same gjør side 202 og 203)

Førsteamanuensis Ingvar Eidhammer foreleser i rom 2142, tirsdag og torsdag kl 10.15 - 12.00 . Første forelesning 26. august 1997.

-	Dato	Beskrivelse	Litteratur	Tittel
2 F	26-28/8	Introduksjon til molekylærbiologi	PB Kap 1	Basic Consepts of Molecular Biology
1/2 F	2/9	NP-kompletthet	PB Kap 2	Strings, Graphs and Algorithms
1 1/2 F	2-4/9	Global sammenstilling av to sekvenser	PB Kap 3.1, 3.2.1 & 3.3	Comparing two sequences
2 F	9-11/9	Molekylærbiologi	-	-
2 F	16-18/9	Multippel sammenstilling av sekvenser	PB Kap 3.4 K Kap 11-14	Comparing Multiple Sequences Global Multippel sammenstilling
1 F	23/9	Statistikk	OS Kap 3-5,7	-
1 F	25/9	Skåringsmatriser	PB Kap 3.5.1 K Kap 1-3	PAM-Matrices Skåringsmatriser
1 F	30/9	Lokal parvis sammenstilling	PB Kap 3.2.2-3.2.3 K Kap 4-6	Local Comparison Semiglobal Comparison
1 F	2/10	Basic Local Alignment Search Tool - BLAST	PB Kap 3.5.2 K Kap 8	BLAST BLAST
1 F	7/10	FASTA - rask søkemetode for å finne lokale sammenstillinger	PB Kap 3.5.3 K Kap 7	FAST FASTA
1 F	9/10	Søk med profiler	K Kap 10	Profilsøk
1 F	14/10	Sammenstillingsaspekt	PB Kap 3.6	Other Issues
2 F	16-21/10	Sekvensiering - sammenslåing av segmenter	PB Kap 4	Fragment Assembly of DNA
2 F	23-28/10	Fysiske DNA-kart	PB Kap 5	Physical mapping of DNA
2 F	30/10-4/11	Fylogenetiske trær	PB Kap 6	Phylogenetic trees
1 1/2 F	6-11/11	Strukturprediksjon	PB Kap 8	Molecular Structure Prediction
1/2 F	11/11	"DNA-maskiner"	PB Kap 9	Epilogue: Computing with DNA
1 F	13/11	Generell søking	WI Kap 4-5	-
2 F	18-20/11	Søking etter sekvensmotiv	K Kap 17-23	Søk etter felles mønstre i en gruppe av relaterte sekvenser

Gruppeøvelsene ledes av stipendiat Kjell Petersen i rom 2143 onsdager kl 12.15 - 14.00 .

Sist oppdatert av Kjell Petersen - kjellp@ii.uib.no 26.02.98