MAT-3211, Bioinformatikk

Emnet bygger på Innføring i programmering, MAT-1002 Kalkulus 2 og  MAT-1004 Lineær algebra. Kurset vil behandle  grunnleggende metoder for  analyse av protein- og DNA-sekvenser. Tema som vil bli tatt opp er alignment ved dynamisk programmering og metoder for etablering av phylogenetiske trær. I tillegg vil det bli etablert metoder for statistisk undersøkelse og gjenkjenning av biologisk funksjon og klassifikasjon ved proteinfamilier ved forskjellig type feature og clustering metoder. Kurset vil også inneholde en kort innføring i viktige biokjemiske modeller og  parametere til bruk i biologisk interpretasjon av resultatene fra analyse av sekvensdataene.  Det vil bli gitt obligatoriske oppgaver der studenten får utvikle og prøve metodene i praksis på realistiske proteinfamilier og sekvensdata fra databanker.