Det organiserte doktorgradsprogrammet reguleres av Forskrift for graden ph.d. ved Universitetet i Oslo og Programplan for graden ph.d. ved Det medisinske fakultet. Regelverket er samlet i ett dokument hvor programplanen er skrevet i kursiv. Regelverket gjelder uansett når du er opptatt på programmet.
Doktorgradskandidater som ble tatt opp til doktorgradsprogrammet før 11. oktober 2002 med henblikk på graden dr.med./dr.philos. (avhengig av utdanning), kan dersom de disputerer innen sommeren 2008 velge graden dr.med./dr. philos.
Kandidater som ikke har vært oppmeldt på det organiserte doktorgradsprogrammet ved fakultetet, kan velge å levere et arbeide til bedømmelse for den frie graden dr.philos. Den frie grad stiller ingen krav til godkjent opplæringsdel, noe som må kompenseres med et noe høyere krav til omfanget av avhandlingen.
Forskrift for graden dr.philos. ble vedtatt av Det akademiske kollegium 08.04.97.