Institutt for allmenn- og samfunnsmedisin ledes av instituttleder Dag Bruusgaard. Instituttleder har faglig og administrativt ansvar for instituttets samlede virksomhet og rapporterer direkte til dekanus. Den faglige ledelse omfatter drift og utvikling av grunnenhetens forskning, formidling, undervisningsressurser og annen faglig virksomhet. Arbeidsgiveransvar for alle instituttets ansatte ligger hos instituttleder.
Administrasjonen ledes av kontorsjef Inger-Lill Røyem. Kontorsjef er underlagt instituttleder og ivaretar på delegasjon oppgaver som personalledelse av administrativt ansatte og ledelse og disponering av administrative ressurser og tjenester.
Alle grunnenheter ved Det medisinske fakultet skal opprette instituttråd. Instituttrådet har ingen selvstendig rolle som beslutningsorgan, men skal understøtte instituttleder. Instituttrådet skal uttale seg om de saker som ellers ville ha vært gjenstand for vedtak i et styre, dvs. langtidsplan, årsplan og budsjett, intern organisering, samt regnskap og årsrapport. Instituttrådet kan drøfte saker som instituttleder eller øvrige medlemmer ønsker å ta opp.