Månedens stipendiat - Oktober 2007

Ellen Kathrine Eriksen

Harald Grove er utdannet siv ing i biokjemi fra NTNU, men synes ikke dette var nok. Dermed ble det også hovedoppgave innen bioinformatikk fra NLH (UMB). Nå jobber Harald med å optimere dataanalysemetoder for å påvise endringer i komplekse proteinprøver.

Harald Grove

Biologi eller informatikk?
Jeg startet studiene i Trondheim (NTNU) med en idé om at jeg ville jobbe med biokjemi eller mikrobiologi. Etter endt studie der var det imidlertid noe som manglet. Da jeg kom over en informasjonsbrosjyre fra NLH (nå UMB) som beskrev et nytt studieprogram om bioinformatikk fikk jeg lyst til å prøve meg i grenselandet mellom dataanalyse og biologi. Våren 2004 fullførte jeg en hovedoppgave hvor jeg så på mulighetene av å analysere slektskap mellom mikroorganismer basert på å studere proteinsekvenser av utvalgte gener.

Like før innleveringen kom jeg over en ledig stilling som stipendiat på Matforsk. Stillingsbeskrivelsen beskrev et prosjekt innen proteinanalyse hvor målet var å lete blant store mengder proteiner etter noen få utvalgte. Kombinasjonen av en biologisk problemstilling og avansert dataanalyse fenget umiddelbart, dette måtte være perfekt for meg. De ansvarlige for ansettelsen på Matforsk mente tydeligvis det samme, og august 2004 var jeg i gang med doktorgraden.

Optimal dataanalyse for kompliserte prøver
Oppgaven min ble lagt til grenselandet mellom et prosjekt som går på kvalitetsstudier av hvete dyrket i Norge, og et mer grunnleggende prosjekt for dataanalysemetoder. Prosjektet for dataanalyse har som mål å utvikle og optimere metoder for å finne relevant informasjon i de store datamengdene som gjerne kommer fra for eksempel proteinanalyser. Feilaktig bruk av statistiske metoder kan resultere i at man overser viktige sammenhenger, eller finner frem til gale sammenhenger. Et av målene med hveteprosjektet er å studere proteinsammensetningen i hvete, og å finne frem til sorter som gir stabil kvalitet på avlingen. Tilgang til effektive dataanalysemetoder ved gjennomføring av slike forsøk vil kunne gi sikrere resultater raskere, og dermed spare både tid og penger for de som gjør forsøkene.

2D gelelektroforese

I samarbeid med UMB har det blitt gjennomført forsøk hvor forskjellige hvetetyper har blitt dyrket under ulike betingelser. Melet som har kommet fra disse forsøkene har så blitt analysert med tanke på hvor godt egnet det er for baking. Min del av dette prosjektet har vært å finne frem til optimale dataanalysemetoder for å finne endringer i proteinsammensetningen som følge av forskjellige dyrkingsbetingelser. Den praktiske analysen av proteinene skjer med en metode som kalles 2-dimensjonal gelelektroforese (2DE). Analysen baserer seg på at en kompleks blanding av proteiner blir separert på en akrylamidgel basert på hvor store proteinene er, og hva slags ladning (pI) de har. Denne metoden gir også informasjon om hvor mye det er av hvert enkelt protein. Man kan så bruke statistiske metoder for å finne forskjeller i proteinene i mel fra hvete dyrket med én metode, sammenlignet med mel fra hvete dyrket med en annen metode. Identifikasjon av de proteinene som er forskjellige kan så gi informasjon som vil hjelpe til å skjønne hva som gir bedre melkvalitet.

Videre planer
Jeg er nå inne i siste året av doktorgraden og regner med å disputere i august 2008. Stipendiatperioden har gitt en god motivasjon til å fortsette med forskning videre, kanskje først gjennom en post.doc et eller annet sted.




Oppdatert: 15.10.07
Utskriftsvennlig versjon : Arkiv : Tips en venn