Månedens stipendiat - November 2007

Siri Eikrem Skotland

Liv Anette Bøhle er månedens stipendiat for November 2007. Hun er 25 år, fra Spydeberg og har siden juni 2006 jobbet som stipendiat i PEP-gruppen (Protein engineering and Proteomics), ledet av professor Vincent Eijsink.

Liv Anette Bøhle Foto: Truls M. Mathisen

Liv Anette er utdannet Master i Mikrobiologi fra Universitetet for miljø-og biovitenskap juni 2006. Arbeidet med master-graden ble utført ved LMG (Laboratorium for mikrobiell genetikk), som ledes av Ingolf Nes. Master-graden gikk ut på å karakterisere melkesyrebakterier fra tarmen hos grisunger, sammenligne disse med melkesyrebakterier fra purkemelk, og analysere og rense antimikrobielle stoffer som disse bakteriene produserer.

Fikk smaken på forskning
- Jeg syntes dette arbeidet var veldig interessant og jeg ønsket derfor å fortsette innen forskning, sier Liv Anette. Etter endt eksamen startet hun derfor i i PEP-gruppa. Arbeidet gikk da fra å være molekylærbiologi og mikrobiologi til å bli mer protein-rettet.

Enterokokker på godt og vondt
I doktorgraden sin skal Liv Anette jobbe med en bakterie kalt Enterococcus faecalis V583. Enterokokker betegnes som melkesyrebakterier, og er vanlige bakterier i det humane fordøyelsessystemet, og også i mange fermenterte matvarer. De fleste enterokokker er ikke virulente og sees på som gode bakterier å ha i tarmsystemet, men enterokokker er også kjent som opportunistiske patogener. Det vil si at de kan være årsak til en rekke sykdommer hos mennesker, spesielt hos de som har nedsatt immunforsvar. Enterokokker kan være årsak til for eksempel sårinfeksjoner i forbindelse med operasjoner. De er dermed et stort problem på sykehus.

Skal studere stresspåvirkning
Enterokokker er veldig hardføre, og er resistente mot en rekke typer antibiotika. E. faecalis V583 var det første kliniske vancomycin-resistente E. faecalis-isolatet som ble isolert i USA. På grunn av dette er enterokokker både viktige og interessante bakterier å studere. Arbeidet vil derfor blant annet gå ut på å studere proteomet til bakterien under ulike forhold, og se hvordan uttrykket av ulike proteiner endrer seg når bakterien blir blir utsatt for ulikt stress.

I første omgang skal Liv Anette studere hvordan proteinekspresjon endres etter at bakterien blir stresset med galle. For at bakterien skal kunne overleve i tarmsystemet er det viktig for bakterien at den tolererer galle. Denne egenskapen er viktig både for patogene og probiotiske bakterier. I tillegg skal en gå nærmere inn på noen utvalgte proteiner og studere disse nærmere. Dette kan være proteiner som er involvert i patogenisitet eller har andre interessante egenskaper.

2D gel Foto: Liv Anette Bøhle

Kartlegger og identifiserer proteiner
Kartleggingen av proteomet gjøres ved hjelp av gel-baserte metoder, hovedsaklig to-dimensjonell gel elektroforese, hvor proteinene først blir separert etter deres isoelektriske punkt (dvs ved den pH hvor nettoladningen til proteinet er lik null), deretter blir proteinene separert etter masse. Til slutt blir interessante proteiner identifisert ved hjelp av massespektrometri.

- Problemstillingene jeg jobber med er veldig interessante og det er viktig få mer kunnskap om disse bakteriene. Dette både med tanke på at de kan være patogene, og at de også kan ha probiotiske egenskaper, sier Liv Anette.



Oppdatert: 01.11.07
Utskriftsvennlig versjon : Arkiv : Tips en venn