Månedens stipendiat - Februar 2006

Kristine Magnus

Instituttets ferskeste stipendiat, Otto Ludvig Nyquist, er månedens stipendiat i februar 2006. Ludvig fullførte sin Master of Science her ved IKBM våren 2005. I sin doktorgradsperiode skal han fortsette på sitt masterarbeid ved Laboratoriet for mikrobiell genteknologi (LMG).

Otto Ludvig Nyquist Foto: Privat

Fortsetter på sitt masterarbeid
Mitt navn er Otto Ludvig Nyquist, og jeg er 28 år. Jeg begynte mine studier på Universitetet i Oslo, men dro etter et år til USA. Høsten 2000 fullførte jeg en Bachelor of Science i Bioteknologi på Michigan State University. Etter å ha jobbet i et par år som realfagslærer i Kamerun begynte jeg på Masterstudiene innen bioteknologi her på UMB. Denne graden avsluttet jeg våren 2005, og høsten 2005 arbeidet jeg videre ved Laboratoriet for mikrobiell genteknologi (LMG), hvor jeg hadde utført arbeidet relatert til Mastergraden. Jeg har nå begynt som stipendiat samme sted og gleder meg til å fortsette med det arbeidet jeg startet på for snart to år!

Opportunistiske patogener
Tittelen på oppgaven er ”Mikromatrise-basert komparativ genomisk hybridisering (aCGH) for Staphylococcus aureus.” S. aureus er en Gram-positiv bakterie som kan kolonisere menneskers hud og slimhinner uten at vi tar skade av det. I arbeidet med mastergraden undersøkte jeg også en rekke stammer av arten Enterococcus faecalis. E. faecalis er en naturlig del av menneskets tarmflora, og som også har vist seg å ha visse probiotiske egenskaper. I tillegg er både S. aureus og E. faecalis opportunistiske patogener (såkalte ”sykehus-bakterier”) som kan infisere alle menneskelige vev. I verste fall er slike infeksjoner dødelige. Sykehusinfeksjonene er veldig vanskelige å behandle, fordi mange S. aureus og E. faecalis er resistente mot flere typer antibiotika (”multiresistente”). Hos storfe er S. aureus mest kjent som den bakterien som oftest forårsaker mastitt (jurbetennelse).

Komparative genomiske studier
Sammenhengen mellom S. aureus og E. faecalis som finnes i mat, produksjonsdyr, mennesker og i andre miljøer er ikke kjent. S. aureus er en art hvor man antar at rundt 10% av gen-innholdet kan variere mellom ulike isolater, mens hos E. faecalis antar man at denne variasjonen i gen-innhold ligger rundt 20%. Mikromatrise-basert genomisk hybridisering (aCGH) er et verktøy som kan brukes til å studere slike genetiske sammenhenger. Vi har tatt i bruk en PCR-basert DNA mikromatrise fra TIGR som inneholder gen-spesifikke produkter fra fire sekvenserte S. aureus-genomer, i tillegg til en PCR-basert DNA mikromatrise (utviklet her på laboratoriet av Ågot Aakra) som inneholder gen-spesifikke produkter fra E. faecalis. Disse arrayene ble også brukt tideligere med lovende resultater i arbeidet med mastergraden min. Som stipendiat vil jeg hovedsaklig fokusere på S. aureus. Vi har fått tilgang på en oligonukleotid-basert DNA mikromatrise (”DNA-chip”) fra Affymetrix. Her er 4 S. aureus genomer representerte.
Ved å sammenlikne gener som finnes hos isolater fra ulike miljø håper vi at vi kan samle tilstrekkelig informasjon til å kunne identifisere eventuelle genetiske forskjeller som kjennetegner isolater fra de ulike miljøene. Ved å se på det som er felles for de ulike stammene innen en art vil man også kunne se hvilke gener som kjennetegner denne arten, noe som vil være interessant sett fra et fylogenetisk og biokjemisk perspektiv. Det vil blant annet kunne svare på spørsmål som; ”Hvilke gener trenger denne typen organisme for å utføre de mest essensielle oppgavene?”

Tett samarbeid
En del av arbeidet mitt vil gå ut på å optimalisere våt-lab prosedyrene vi til nå har brukt innen CGH, mens en annen del av arbeidet vil gå ut på å utbedre analysen av de store datamengdene som genereres i slike forsøk.
Arbeidet krever omfattende utvikling og anvendelse av bioinformatiske og statistiske metoder. En viktig del av prosjektet blir å forbedre den vitenskapelige metoden ved parallelt å forbedre våt-lab prosedyrer og bioinformatiske metoder gjennom et tett samarbeid mellom gruppen for mikrobiell genteknologi (Ingolf F. Nes, Ågot Aakra, og meg selv) og gruppen for biostatistikk(Lars Snipen og Are Aastveit) her ved IKBM.

Prosjektet er knyttet til forskningsgruppene Biostatistikk og Mikrobiell genteknologi ved IKBM. Lønn og drift er finansiert av IKBM og er knyttet til flere eksisterende prosjekter ved LMG.

Tilbake til Månedens stipendiater oversikten.


Oppdatert: 01.01.06
Utskriftsvennlig versjon : Arkiv : Tips en venn