Første master i bioinformatikk

Kristine Magnus

Eirik Sønneland er den første studenten fra Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap (IKBM) med mastergrad i bioinformatikk. Mandag 3.april forsvarte han mastergradsoppgaven sin. Forskningsarbeidet har Eirik utført ved Centre for Integrative Genetics (CIGENE)/Institutt for husdyr- og akvakulturvitenskap (IHA) under veiledning av professor Sigbjørn Lien.

Bioinformatikeren Eirik Sønneland ser lyst på fremtiden Foto: Håkon Sparre

Da UMB var NLH
Eirik begynte ved UMB på den tiden da universitetet fortsatt var Norges landbrukshøyskole (NLH). Han startet på den naturvitenskapelige linjen (NV) og valgte etter hvert å spesialisere seg innen anvendt matematikk. Da han fikk høre at et studium i bioinformatikk var i emning ved UMB ble han svært intressert i tanken på å kombinere ulike fagretninger for å løse utfordringer i biologien. Eirik ble dermed en av de første studentene på IKBMs mastergradsstudium i bioinformatikk.

Tøff start med nytt studium
Som en av de første som skulle prøve å følge de stadig endrede fagplanene i starten av det nye studiet ble det først noen tøffe tider med å finne ut hva som skulle til for å kunne få en mastergrad i bioinformatikk. ”Det var mange ulike meninger om hvordan studiet skulle legges opp, og hvilke fag det skulle inneholde,” sier Eirik. Han engasjerte seg derfor i programutvalget for bioinformatikk, og fikk på den måten selv muligheten til å forme sitt eget studium og følge med på utviklingen av fagplanen. I dag er Eirik meget fornøyd med hvordan bioinformatikkstudiet er blitt, og han er nå den første til anbefale nye studenter å følge i hans fotspor.

Kartlegging av gener
Som mastergradsarbeid har Eirik bygget en såkalt "high throughput pipeline" for å påvise små mutasjoner (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs) i ett genom (dvs. alt DNA i en organisme). Til dette har han benyttet en okse som modellorganisme for pattedyr. Ved hjelp av en del programmering, utvalg av software, kreativitet og supercomputere kan vi "scanne" ett helt pattedyr-genom og påvise slike mutasjoner til videre bruk i forskning. SNPene brukes blant annet til å kartlegge gener og egenskaper i ulike organismers genom. Arbeidet har Eirik presentert i mastergradsoppgaven ”High throughput SNP detection in genome sequencing projects - experience from the bovine genome” / "Storskala SNP påvisning i ett genom sekvenseringsprosjekt, erfaringer fra storfegenomet" som ble forsvart mandag 3.april 2006.

Gode jobbutsikter
Som ferdigutdannet bioinformatiker mener Eirik at han har meget gode jobbutsikter. Det er opptil flere bioteknologibedrifter som trenger kompetansen hans, og det kommer stadig flere stipendiatstillinger innen fagområdet hans. ”Det fantastiske med dette faget er at man kan satse på akkurat det du liker best/er god på av fagene informatikk, biologi (genetikk, proteinkjemi osv. osv.), matte, fysikk og statistikk,” sier Eirik. ”Og derfor vil man også bli kvalifisert for flere stillinger i industrien. Arbeidsmarkedet er idag generelt bra og er man tydelig på hvilke fagkombinasjoner man har bakgrunn i så kan man søke veldig bredt på stillinger. Foreløpig har Eirik fått et tre måneders engasjement på CIGENE for å forbedre metoden han har utviklet og gjøre den mer brukervennlig for andre. Samtidig reiser han rundt i Europa på jobbintervjuer.

Genene skjuler mange hemmeligheter Foto: Diagenics

Nøkkelen til mange uløste mysterier
Eirik mener det mest spennende og engasjerende med bioinformatikkstudiet er å jobbe tverrfaglig og se det havet av utfordringer bioinformatikken kan løse! "I dag kan vi produsere enorme mengder data fra diverse DNA-sekvenseringsprosjekter, mikroarray osv. Selve flaskehalsen innen flere fagområder, f.eks genetikk, er ofte software og mangel på mennesker som kan kombinere informatikk og genetikk,” forteller han.



Viktig med pauser også...
”Har du til slutt noen gode råd til fremtidige bionformatikkstudenter?” Eirik anbefaler kommende bioinformatikkstudenter å lære seg ett etablert programeringsspråk godt! ”Du vil ha utrolig stor nytte og fordeler av å kunne bruke dette redskapet. Det kan være tungt i begynnelsen, men hva er ikke det? Snus tidlig på hvilke muligheter du har til masteroppgave. Bank på dører og snakk med menneskene som kan tilby oppgaver. Og, sist men ikke minst... Husk å besøke Bodegaen regelmessig etter lange dager på universitetet!”


Oppdatert: 21.04.06
Utskriftsvennlig versjon : Arkiv : Tips en venn