Månedens stipendiat - Mai 2006

Kristine Magnus

Enkelte mener at man ved å ta en doktorgrad utdanner seg til arbeidsledighet, ettersom det er billigere å ansette folk som bare har master. Erik Lysøe er ikke enig. Erik er månedens stipendiat i mai og har sin beste jobbperiode noen sinne! Han er doktorgradsstipendiat ved Bioforsk med intern veileder på IKBM.

Erik Lysøe Foto: Sverre Kobro

Jeg heter Erik Lysøe og har en Cand. Scient. grad i naturvitenskap fra Norges Landbrukshøgskole (nåværende UMB). Som hovedfagsstudent arbeidet jeg med Trichoderma atroviride (tidligere T. harzianum), som er en sopp man har tenkt å bruke i biologisk kontroll av plantepatogene sopper (sopper som gir sykdom hos planter). T. atroviride har flere kitinaser som bryter ned kitin. Kitin er et karbohydrat som blant annet finnes i celleveggen hos de fleste filamentøse sopper. Hovedfagsarbeidet mitt var fokusert på genregulering i den mest lovende kitinasen, endokitinasen ThEn-42. Hovedoppgaven min fikk tittelen "Konstruksjon av en ekspresjonsvektor egnet for genreguleringsstudier i Trichoderma harzianum og bruk av denne til å lage en promoterdelesjonsserie fra endokitinasegenet ThEn-42" og ble skrevet under veiledning av Sonja Sletner Klemsdal ved dengang Planteforsk Plantevernet (nå Bioforsk Plantehelse) og Arne Tronsmo ved Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap (IKBM).

Headhuntet
I utgangspunktet var jeg ikke innstilt på å ta en doktorgrad etter at jeg hadde levert masteroppgaven, men da jeg fikk muligheten (jeg var så heldig å bli spurt!) etter et par ukers ferie nølte jeg likevel ikke. Arbeidet skulle forgå på samme sted som sist, og fortsatt med Sonja Klemsdal ved Bioforsk som veileder, og med Vincent Eijsink som intern veileder ved IKBM. Jobb måtte man jo ha, og jeg har sett mange som har gått arbeidsledige en lang tid etter fullført utdannelse. Jeg har hørt andre si at med en doktorgrad utdanner man seg til arbeidsledighet, fordi det er billigere å ansette folk som kun har master. Jeg er ikke enig. Dette er den beste jobbperioden jeg noen gang har hatt, og jeg føler at det nok vil ordne seg uansett. Kanskje naivt, men bekymringene skal jeg i hvert fall ikke ta på forskudd. Hvordan det går på arbeidsmarkedet finner jeg uansett raskt ut, da jeg antageligvis skal disputere tidlig høst 2006.

Figur 1. Hveteaks infisert av Fusarium Foto: Erling Fløistad

Hardt, men morsomt
I doktorgraden har jeg fokus på en annen filamentøs soppgruppe som er patogen på de fleste kornarter; Fusarium (Figur 1). Prosjektet er finansiert gjennom Næringsmiddelprogrammet i Norges forskningsråd. Arbeidet har virkelig vært morsomt, utfordrende og hardt. Særlig fordi det er relativt liten kompetanse på ”fungal genetics” her på campus. Men, man knytter jo kontakter etterhvert som man blir en (liten) del av et større utenlandsk nettverk.

Østrogenhermer
De forskjellige artene av Fusarium vokser på korn og produserer en hel rekke mykotoksiner som er varmebestandige og stabile, og dermed finnes i det endelige matproduktet. I hovedsak ønsker man å redusere mengden Fusarium på kornet, som igjen antageligvis vil føre til mindre mykotoksiner i maten. EU og USA har fått stor fokus på disse toksinene de siste årene, da de ofte er kreftfremkallende eller skaper andre helsemessige problemer. Toksinet jeg arbeider med heter zearalenon og er en østrogenhermer med sterk binding til østrogenreseptorer i pattedyr. Dette er absolutt noe man ikke har lyst til å ha i maten. Det er imidlertid kun noen få arter Fusarium som produserer dette toksinet. Fokuset på arbeidet mitt har vært å finne gener man kan knytte til zearalenon produksjon, slik at man kan forstå mer av toksinets biokjemiske pathway og bruksområder for soppen. Det er også mulighet for å bruke disse genene til en pre-screening av kornprøver for å undersøke om soppen (og dermed antageligvis toksinet) finnes i forskjellige kornprøver. Man kan da med enkle og relativt billige metoder (Real-Time qPCR) gjøre analyser for å velge ut prøver som skal videre til de tyngre og kostbare kjemiske analysene.

Mye å hente for legemiddelindustrien
For en stund siden ble ”hele” genomsekvensen til F. graminearum med ~14000 annoterte gener tilgjengelig. Zearalenon tilhører en gruppe stoffer som kalles polyketider, som omfatter mange giftstoffer, antibiotika, immunosuppressants og lignende. Polyketider er absolutt en mangfoldig og interessant gruppe og her er det mye å hente for legemiddelindustrien. Genomsekvensen viste ~15 polyketid syntaser (hovedproteinet i biosyntesen) og etter en del molekylærbiologisk, biokjemisk og bioinformatisk arbeid sto jeg igjen med èn polyketid syntase; PKS4. Genet inaktiverte jeg ved hjelp av Agrobacterium tumefaciens-mediated transformasjon, og det viste at PKS4 er helt nødvendig for produksjon av zearalenon (Figur 2). Dette arbeidet, "The PKS4 Gene in Fusarium graminearum Is Essential for Zearalenone Production", er akseptert av Applied and Environmental Microbiology og kommer ut juni 2006 (Vol. 72, No. 6).

Figur 2. Zearalenon produksjon i vildtype (WT) og PKS4 mutant Foto: Erik Lysøe

Oppdatert: 02.05.06
Utskriftsvennlig versjon : Arkiv : Tips en venn