Månedens stipendiat - Mai 2007

Ellen Kathrine Eriksen

Øystein Tenfjord Engelsen er månedens stipendiat for mai 2007. Han er utdannet master i bioinformatikk fra Universitetet i Bergen, institutt for informatikk. I dag jobber han med genomisk diversitet i mikroorgansimer som stipendiat i biostatistikkgruppen ved IKBM.

Øystein Tenfjord Engelsen

Bioinformatikk i Bergen
Da det ble startet opp et nytt studietilbud i bioinformatikk i Bergen ble Øystein interessert og valgte denne noe uortodokse studieveien. Studiet fenget, og resulterte etter noen år i en masteroppgave. Oppgaven omhandlet analyse av MS/MS data, og utviklingen av en metode for å påvise sett av posttranslasjonelle endringer i proteiner, basert på kombinasjon av data fra MS/MS og MALDI-TOF.

Mye av tiden under studiet ble også brukt til organisasjonsarbeid innenfor studentidretten, og det ble mange år med styreverv i Bergens Studentenes Idrettslag (BSI).

Nye utfordringer
Etter fullført masteregrad jobbet Øystein en tid i firmaet Scase i Bergen med sporing og datafangst i matindustrien. Her hadde han også jobbet store deler av studietiden, og fikk med seg mange nyttige erfaringer innen programutvikling og industriprosesser. Bransjen var både interessant og spennende, men han følte allikevel at utdanningen ikke kom til sin rett.

Etter en tid ble Øystein rastløs, og trangen etter nye utfordringer kom snikende. Da en stilling som stipendiat ved UMB i bioinformatikk ble utlyst, så han det som en mulighet til å jobbe med fagrelatert arbeid igjen. Etter å ha fått stillingen ble det å dra med seg flyttelasset over fjellet fra vestlandet og tilpasse seg den nye situasjonen. Ny jobb, nytt sted og nye muligheter.

Genomisk diversitet
Idag jobber Øystein i biostatistikkgruppen med Lars Snipen som veileder. Prosjekt omhandler genomisk diversitet i mikroorgansimer. De er nå i ferd med å utvikle metoder for estimering av størrelsen for pangenom og kjernegenom innenfor arter eller familier av prokaryoter.

Oversikt over DNA-strukturen Foto: Michael Ströck, Wikipedia

Et pangenom for en art er i denne sammenheng alle unike gener som eksisterer i forskjellige stammer av den gitte arten, eller sagt på en annen måte, unionen av alle eksisterende gener innen arten. Et kjernegenom vil være de gener som er felles for alle stammer, altså snittet over alle genomer.

Bakgrunnen for prosjektet er at det nå eksisterer et (stadig økende) mangfold av prokaryoter med flere publiserte genomsekvenser. Det kommer også klart frem at den genomiske diversiteten er betydelig også innefor arter. Hvor stor denne diversiteten er blir da det store spørsmålet, og siden det for alle praktisk formål blir uoverkommelig å sekvensere alle stammer for en gitt art, dukker behovet for statistikk og estimering opp.

Prosjektet er et samarbeid med Centre for Biological Sequence Analysis ved DTU i Danmark


Oppdatert: 30.01.07
Utskriftsvennlig versjon : Arkiv : Tips en venn