Matlab startes fra kommandolinja med kommandoen matlab. Hvis du vil unngå det treige grafiske grensesnittet, starter du matlab med kommandoen matlab -nojvm.
Når du skal kjøre lange beregninger, kan du starte dem via et script som heter runmatlab. Som argument tar det et m-script (matlab-script) som du har skrevet og som du vil kjøre. Scriptet vil sørge for at din matlabprosess blir satt nice (se side om beregninger). Hvis beregningen din skal kjøre så lenge at du vil forlate maskinen, skriver du nohup foran runmatlab.
Eksempel: Du har implementert en Gausseliminasjonsalgoritme og skal kjøre den på en full 1000×1000 matrise, og trenger derfor minst en hel natt. Gitt at scriptet ditt ligger i fila gausselim.m skriver du:
$ nohup runmatlab gausselim &
Det som blir skrevet ut fra matlab under beregningen lagres i fila nohup.out. Det kan du endre ved opsjoner til nohup, se man nohup.