Balkanprogrammet ble opprettet i 2006 som et anvendt program innenfor sikkerhetsektorreform-arbeidet ved NUPI. Programmet er i denne fasen innrettet for å koordinere norsk støtte til etterretnings- og sikkerhetsreformen i Bosnia-Herzegovina (BiH). Målet er å bidra til å bygge en funksjonell statlig, sivil etterretnings- og sikkerhetstjeneste og å styrke det fulle spekter av institusjonelt støtte- og kontrollnettverk som må omgi en etterretnings- og sikkerhetstjeneste, dvs. både den utøvende ledelse og den parlamentariske og rettslige kontroll, men også utviklingen av en opplyst og interessert offentlighet. Programmet må ses i sammenheng med de øvrige og omfattende reformene av sikkerhetssektoren som finner sted i BiH for å styrke den demokratiske kontrollen, men også for å sentralisere og effektivisere vesentlige funksjoner

NUPI søker å bidra til at den norske støtten til etterretningsreformen innenfor gitte rammer tilpasses de behov som artikuleres av lokale aktører. Kompetanse som finnes i relevante miljøer i Norge søkes involvert i størst mulig grad.

Programmet er støttet og finansiert av Utenriksdepartementet.