Arbeidet under Arktisk råd ledes av Utenriksdepartementet. SFT deltar i følgende arbeidsgrupper:

• Arctic Monitoring and Assessment Programme (AMAP) overvåker tilstanden i det arktiske miljø. AMAP arbeider for å skaffe troverdighet og tilstrekkelig vitenskapelig informasjon om tilstand av og trusler mot det arktiske miljø, og gi myndighetene i de arktiske land faglige råd om tiltak mot forurensning. SFT deltar både i arbeidsgruppa og i felles miljøovervåkningsprogram i regi av AMAP.     
• Protection of Arctic Marine Environment (PAME) arbeider for vern av det marine miljøet i Arktis. SFT deltar på møtene i PAME, og har deltatt i arbeidet med å utarbeide en Arktisk marin strategisk plan.   
• Arctic Council Action Plan (ACAP). Handlingsplan for å redusere og eliminere forurensning av det arktiske miljø. Under ACAP gjennomføres konkrete multilaterale samarbeidsprosjekter som skal gi målbar reduksjon av utslipp. Hovedfokus er rettet mot miljøgifter som PCB, dioksiner, kvikksølv, utrangerte og forbudte sprøytemidler og bromerte flammehemmere.  Norge deltar aktivt i prosjektene og har lederansvaret i prosjektgruppen for reduksjon av bromerte flammehemmere.