Forskningsstasjonen er høgskolens organisatoriske enhet i Mørkvedbukta. Den representerer det primære faglige verktøyet for hold og eksperimentell virksomhet på levende marine organismer.

Forskningsstasjonen forvaltes gjennom den administrative linjen i høgskolen, og ledes daglig av driftsleder(operativt ansvarlig) og stasjonssjef (administrativt ansvarlig). Faglig overordnet ansvar for stasjonen er hos dekanus eller den vedkommende velger å bemyndige.

Basisaktiviteter er grunnleggende aktiviteter som innebærer å produsere og kultivere forsøksorganismer for å understøtte de faglige kjerneområdene innen akvakultur ved AFN. Ettersom fokuset til avdelingens akvakulturvirksomhet er på tidlige livsstadier, er det etablert basisfunksjoner knyttet til produksjon av marine egg, larver og yngel for eksperimentell virksomhet, stamfiskhold samt fôr/ernæring og helse.

Laboratoriefunksjoner: Stasjonens laboratoriefunksjoner er i stor utvikling. Det arbeides nå for å etablere laboratorieaktiviteter som naturlig er knyttet til akvakulturvirksomheten og de basisaktiviteter nevnt i forrige avsnitt.

Akvatiske forsøksfasiliteter: Forskningsstasjonen har et ansvar for mange fysiske enheter. Det er derfor en sentral oppgave for forskningsstasjonen å yte service, vedlikehold og tilrettelegging av de fysiske akvatiske forsøksfasiliteter (våtlaboratorier). Dette omfatter blant annet alle haller, vannforsyning, vannbehandlingsanlegg og kar. Laboratoriefunksjonene knyttet til Mørkvedbukta driftes av laboratoriestaben knyttet til hovedbygget.

Feltstasjonen: Forskningsstasjonen har også en funksjon som marinbiologisk feltstasjon i tillegg til akvakulturfunksjonen.