|
MAT-3211 Bioinformatikk
Vekting
10 studiepoeng | Innhold
Emnet vil behandle grunnleggende metoder for analyse av protein- og DNA-sekvenser. Tema som vil bli tatt opp er alignment ved dynamisk programmering og metoder for etablering av phylogenetiske trær. I tillegg vil det bli etablert metoder for statistisk undersøkelse og gjenkjenning av biologisk funksjon og klassifikasjon ved proteinfamilier ved forskjellig type feature og clustering metoder. Kurset vil også inneholde en kort innføring i viktige biokjemiske modeller og parametere til bruk i biologisk interpretasjon av resultatene fra analyse av sekvensdataene. Det vil bli gitt obligatoriske oppgaver der studenten får utvikle og prøve metodene i praksis på realistiske proteinfamilier og sekvensdata fra databanker. | Anbefalte forkunnskapskrav
INF-1100 Innføring i programmering, MAT-1002 Kalkulus 2, MAT-1004 Lineær algebra | Undervisning
Forelesninger: 40 t
Øvelser: 30 t
| Obligatorisk undervisningsaktivitet
Obligatoriske oppgaver. | Vurdering
En muntlig prøve
1 muntlig og innlevering av 3 obligatoriske øvelser. To av øvelsene kreves godkjent for å kunne gå opp til eksamen. | Eksamenssemester
Høst, Vår | Hjemmeside
http://uit.no/matstat/mat-3211/
|
Karakterform
Bokstavkarakterer, A – F.
Lærebøker
R. Durbin et al. ,”Biological sequence analysis” (Dur)
P. A. Pevzner, “Computational molecular Biology” (Pev)
C.A. Orengo et al., ”Bioinformatics: Genes, Proteins and Computers”
B. Schølkopf and A. J. Smola, “Learning with kernels”
|