MAT-3211 Bioinformatikk

Undervisning høsten 2007 Første oppmøte: Tirsdag 21.08. U.rom 5, Realfagsbygget Ansvarlig fagperson: Prof. Tor Flå

Omfang 10  studiepoeng

Emnetype Teoretisk.

Emnenivå/studieår Emne på masternivå.

Undervisningsspråk Norsk, engelsk ved behov

Eksamenssemester Høst

Innhold Emnet vil behandle grunnleggende metoder for analyse av protein- og DNA-sekvenser. Tema som vil bli tatt opp er alignment ved dynamisk programmering og metoder for etablering av phylogenetiske trær. I tillegg vil det bli etablert metoder for statistisk undersøkelse og gjenkjenning av biologisk funksjon og klassifikasjon ved proteinfamilier ved forskjellig type feature og clustering metoder. Kurset vil også inneholde en kort innføring i viktige biokjemiske modeller og parametere til bruk i biologisk interpretasjon av resultatene fra analyse av sekvensdataene. Det vil bli gitt obligatoriske oppgaver der studenten får utvikle og prøve metodene i praksis på realistiske proteinfamilier og sekvensdata fra databanker.

Anbefalte forkunnskaper INF-1100 Innføring i programmering, MAT-1002 Kalkulus 2, MAT-1004 Lineær algebra

Undervisning Forelesninger: 40 t Øvelser: 30 t

Arbeidskrav Obligatoriske øvelser

Eksamen og vurdering Muntlig eksamen. Bokstavkarakterer (A-F).

Kontaktperson Prof. Tor Flå, tlf. 77 64 40 24, e-post: tor@math.uit.no Kontorsjef Helge Johansen, tlf. 77 64 51 30, e-post: helge.johansen@matnat.uit.no

Pensum Ta kontakt med instituttet/fakultetet

Hjemmeside http://uit.no/matstat/mat-3211/

Timeplaner http://timeplan.uit.no/emne.php?year=2007&department=ALLE&module=MAT-3211-1

Adgang til eksamen og tillatte hjelpemidler
For adgang til eksamen kreves godkjente obligatoriske øvelser. Inntil seks innleveringer kan kreves.

Tillatte hjelpemidler til eksamen: