Hovedmålet med overvåkingsprogrammet er trendovervåking av miljøgifter i påvirkede områder, og stadfesting av bakgrunnsnivåer langs hele norskekysten.

Programmet omfatter målinger av tungmetaller i marine organismer, organiske miljøgfter i marine organismer, miljøgifter i bunnsedimenter, biologisk effektovervåking (som foreløpig er frivillig innen OSPARs overvåkingsprogram) og miljøgifter i blåskjell.