Havforskningsinstituttets hovedaktiviteter er overvåkning, forskning og rådgivning. Fartøyer, laboratorier og stasjoner benyttes til å samle inn data, som danner grunnlag for forskning og vitenskapelige råd.
Forskningsvirksomheten foregår i 19 tverrfaglige forskningsgrupper som leverer resultater til instituttets fire rådgivningsprogram.
Rådgivingsprogrammene leverer råd til myndigheter, næring og samfunn, men identifiserer også nye problemstillinger som løses i forskningsgruppene.
Den tette sammenhengen mellom datainnsamling, forskning og rådgiving gir gode muligheter for å nå målet om enda bedre overvåking, ny kunnskap gjennom forskning og helhetlige, økosystembaserte råd. | 
