Programområdene omfatter forskning både i nordlige og sørlige land. Alle naturtyper er aktuelle, både terrestriske, marine og limniske.
Programmet har en bred innfallsvinkel med en vid ramme for flere disipliner, og vil spesielt satse på tverrfaglig forskning som redskap for problemløsing. Programstyret vil søke en helhetlig økologisk tilnærming til problemstillingene, og inkludere mennesket i denne forskningen.

Programmets hovedmål:
Å bedre kunnskapsgrunnlaget for bærekraftig bruk av biologiske ressurser og bevaring av naturens egenart og mangfold.

For å nå dette hovedmålet må vi øke kunnskapen om økosystemenes naturlige sammensetning, funksjon og dynamikk, vi må undersøke effekter av menneskelige aktiviteter på disse økosystemene, analysere årsakene bak truslene og effektiviteten av ulike forvaltningsstrategier. Programmet har en tematisk vid ramme, og ønsker ikke i utgangspunktet å snevre inn grensene for forskningen.

De viktigste truslene mot biologisk mangfold er ødeleggelse av levesteder (inkludert habitatfragmentering, forurensning og klimaendringer), overbeskatning, introduksjon av fremmede arter og genotyper og indirekte følger av slike introduksjoner. Problemstillinger og virkninger knyttet til overbeskatning av ressursarter, herunder også effekter av overbeiting for andre deler av økosystemene, er relevante forskningstemaer for programmet.

Programstyret har definert følgende fire programområder:

1. Biologisk mangfold - sammensetning, funksjon og dynamikk
Programmet vil støtte forskning som kan identifisere naturlige økosystemers dynamikk. For å oppnå dette vil programmet prioritere:
· Taksonomi:
· Identifikasjon av naturlige økosystemers iboende dynamikk:
· Strategiske studier av naturlige stressgradienter:
· Det biologiske mangfoldets funksjon.

2. Effekter av skader på leveområder
Programmet vil prioritere forskning innen habitatfragmentering og endring i arealbruk. Ansvaret for forskning knyttet til effekter av klimaendringer er overført til programmet NORKLIMA.

Forskning om effekter av forurensning på biologisk mangfold omfattes av forurensningsprogrammet (PROFO).

3. Introduksjoner av fremmede arter og genotyper, inkludert genmodifiserte organismer
Effekter av introduksjoner omfatter også indirekte følger, f.eks. tap av viktige arter i næringskjeden. Arter spres ofte ved tilfeldigheter, eksempelvis frø som spres med transport eller marine organismer som spres med ballastvann. Det er en åpenbar kunnskapsmangel om betydningen av enklere livsformers introduksjon i økosystemene. Forskning rettet mot økologiske effekter av utsettinger av genmodifiserte organismer er derfor særlig aktuelt.

4. Forvaltning av mangfoldet
De samfunnsmessige drivkreftene bak truslene mot biologisk mangfold er knyttet til demografiske, økonomiske, institusjonelle, kulturelle, politiske og teknologiske faktorer. Dette inkluderer befolkningsvekst, økt individuell ressursbruk, økt folkevandring og internasjonal handel. I tillegg kommer en generell kunnskapsmangel om og manglende anerkjennelse av verdien av mangfoldet. Programmet vil støtte forskning rettet mot tiltak og forslag til løsninger. Programmet støtter ikke prosjekter med rene årsaksanalyser, men slike kan inngå der det er relevant for å kunne foreslå forvaltningsstrategier.

Premissene og mulighetene for lokal deltagelse er viktig, det er derfor relevant å studere styringsystemer og styringsmekanismer i forvaltningen av biologisk mangfold. Ulike forvaltningsnivåer bør ses i sammenheng. Hvordan transplanteres globale styringssignaler gjennom nasjonale beslutningsorganer ned på lokalplanet, og hvordan går «responsen» tilbake til tilsvarende globale fora?