Månedens stipendiat: Guri Feten

Hanne Israelsen

Guri Feten er månedens stipendiat i november. Hun skriver doktogradsoppgave innen statistikk.

Guri Feten Foto: H.Israelsen

Eg heiter Guri Feten og vart cand. scient. i anvendt statistikk ved Norges Landbrukshøgskole i 2000. Hovudoppgåva mi hadde tittelen "Prediksjon i situasjonar med få observasjonar i forhold til tal på forklaringsvariablar – nytta på spektroskopi". I oppgåva analyserte eg ost ved bruk av nærinfraraud (NIR) spektroskopi.

I desember skal eg levere doktoravhandlinga mi. I doktorgradsstudiet mitt har eg óg sett på datasett med få observasjonar i forhold til tal på forklaringsvariablar, men denne gongen har eg analysert microarraydata. Teknologien bak DNA-microarrayar gjer at ein kan måle ekspresjonsnivået til tusenvis av gen samtidig. Produksjonen av microarrayar er kostbar, difor består datasettet av mange målte variablar (gen) på få prøver (replikat).

Forsøk der ein måler genekspresjon ved bruk av microarrayar gir ofte datasett med mange manglande ekspresjonsverdiar. For enkelte analysemetodar er det ein fordel, eller eit krav, at ein har ei fullstendig datamatrise. Gen med manglande verdiar kan fjernast, eller manglande verdiar kan erstattast ved bruk av prediksjon. Eg har studert forskjellige innsettingsmetodar på data frå mus og frå bakterien Enterococcus faecalis. Vidare har eg testa på forskjellar mellom metodane ved bruk av ein lineær blanda modell. Ulike gen har ikkje nødvendigvis same optimale prediksjonsmetode og heller ikkje same prediksjonsfeil. Eg jobbar med ein metode for å gruppere gena i forskjellige grupper slik at alle gen i same gruppe har same optimale prediksjonsmetode og tilnærma same prediksjonsfeil. Dermed oppnår ein betre prediksjon av manglande verdiar og betre estimat av prediksjonsfeilen.

Comparative genomic hybridizations (CGH) ved bruk av microarrayar er nytta på bakteriar for å bestemme nivået av genomisk likskap mellom ulike stammer. Microarrayane brukt i slike forsøk er konstruert på grunnlag av den genomiske sekvensen til ei kjent referansestamme. Ukjente stammer blir så samanlikna med referansestamma. Forholdet mellom fluorescerande intensitetar målt for dei to stammene blir brukt til å prøve å bestemme kva for gen som manglar og kva for gen som er tilstades i den ukjente stamma. Der genet er tilstades prøver eg å bestemme kor mange kopiar det er av det aktuelle genet. Eg har studert bruk av både regresjonsmetodar og mixture modellar for å predikere kopital.

Bioinformatikk og analyse av microarraydata er eit godt døme på at samarbeid mellom fleire fagområde, i dette tilfellet statistikk og molekylærbiologi, er nyttig. Statistikk er eit viktig verktøy som med fordel kan brukast i dei fleste fag.

Hovudveiledaren min er Trygve Almøy (Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap, UMB). I tillegg har eg Ågot Aakra (Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap, UMB) og Ole Christian Lingjærde (Institutt for informatikk, UiO) som veiledarar.



Oppdatert: 04.10.05
Utskriftsvennlig versjon : Arkiv : Tips en venn