Saken om styresammensetningen ved NTNU fra 01.01.16 har blitt en vanskelig sak i fusjonen mellom NTNU, Høgskolen i Sør-Trøndelag (HiST), Høgskolen i Gjøvik (HiG) og Høgskolen i Ålesund (HiÅ). Til syvende og sist skal Kunnskapsdepartementet ta stilling til hvilket styre NTNU skal ha. I fusjonsprosjektet har det vært et håp om at KD avklarer dette i løpet av juni måned etter at Strukturmeldingen har vært behandlet politisk.
Det kom overraskende for mange at NTNU styret i siste møte vedtok å sitte ut egen opprinnelig styreperiode fram til 31.07.17. Dette var ikke i tråd med rektor Gunnar Bovim`s forslag om å følge styringsgruppas enstemmige forslag der alle de fire fusjonsrektorene gikk for nyvalg. Riktignok åpnet det sittende NTNU styret for en utvidelse av antall medlemmer fra 01.01.16 til 01.01.17. Vedtaket ble at styret bør utvides med 1 ansattrepresentant og 1 studentrepresentant fra valgkretsen HiST, HiG og HiÅ, og i tillegg med 1 eksternrepresentant.
Alle de tre styrene ved høgskolene har sluttet seg til styringsgruppas forslag om at det velges et nytt styre for perioden 01.01.16 - 01.08.19. Dette betyr altså at de fire fusjonspartnernes styrer ikke er enige og KDs føringer blir avgjørende. Rektor ved HiST, Helge Klungland, la opprinnelig fram et forslag til vedtak der HiST ønsker et nytt styrevalg i tråd med styringsgruppas forslag. I tillegg sier pkt 2 i forslaget at man også støtter NTNU styrets forslag hvis dette til syvende og sist blir lagt til grunn fra KD. Dette fikk rektor kommentarer på i dagens høgskolestyremøte og tjenestemannsorganisasjonene på HiST uttalte seg også kritisk i forkant av styremøtet. Et nytt forslag til pkt 2 ble vedtatt i møtet der det presiseres både hvordan studentrepresentantene skal velges og at man i 2017 skal gjennomføre et valg til et nytt styre i tråd med ordningen som følger av styringsgruppas forslag.
Flere interne styrerepresentanter påpekte at også NTNU styret må "ta inn over seg" de øvrige fusjonspartnernes behov for både reell og symbolsk medvirkning. Fra flere ble det presisert at dette var viktig nå i overgangsperiode og at det nye styret må reflektere mangfoldet i den nye institusjonen.