Skolen er rik på historie og tradisjoner, og vi må langt tilbake i tid for å finne røttene som danner grunnlaget for dagens handelshøyskole. Det var den trønderske industrimannen og velgjøreren Adolf Øien (1849 – 1918) som først hadde en visjon om å etablere en handelshøyskole i Trondheim. Med dette i tankene opprettet Øien i sitt testamente av 1918 Den Nordenfjeldske Handelshøiskoles Fond, som la et økonomisk grunnlag for å realisere visjonen om å etablere en Handelshøyskole i Trondheim.
Adolf Øien var en aktiv forretningsmann i løpet av sitt virke på slutten av 1800-tallet og starten på 1900-tallet. Øien etablerte seg sterkt innenfor handel og industriproduksjon i den trønderske hovedstaden, og hadde en rekke styreposisjoner innenfor bank- og handelsnæringen.
Det var likevel ikke før på 60-tallet at realiseringen av Øiens visjon begynte å ta form. Siviløkonomene ved daværende Trondheim Økonomiske Gymnas (TØG; Nå: Adolf Øiens skole) begynte i 1964 gjennom Norges Handelshøyskoles kursvirksomhet på eget initiativ å tilby kveldskurs i høyere økonomisk-administrative fag.
I 1966 flyttet kursvirksomheten til lokaler på Kalvskinnet skole og i 1967 ble Trondheim Økonomiske Faghøgskole etablert som en institusjon. I 1968 flyttet den nyetablerte skolen igjen til nye lokaler, denne gangen til Nidarøhallen.
I 1979 skiftet skolen navn til Trondheim Økonomiske Høgskole (TØH), og i 1987 flyttet TØH til Jonsvannsveien på Moholt. I 1994 ble skolen en avdeling under Høgskolen i Sør-Trøndelag (HiST).
Nesten 100 år etter Adolf Øiens visjoner fikk Trondheim Økonomisk Høgskole i 2012 godkjent doktorgradsutdanning innenfor økonomistyring. Med dette fikk skolen endelig tittelen «Handelshøyskole». I februar 2013 skiftet Trondheim Økonomiske Høgskole offisielt navn og ble til Handelshøyskolen i Trondheim.
I desember 2013 flyttet Handelshøyskolen i Trondheim inn i splitter nye lokaler på Campus Elgeseter like ved NTNU, Gløshaugen.