Seksjonen arbeider med reduksjon, gjenvinning og sluttbehandling av avfall, og med å sørge for at farlig avfall håndteres på en forsvarlig måte. Seksjonen formidler den nasjonale avfallspolitikken, setter krav til sluttbehandling av avfall samt følger opp fylkesmannens myndighetsutøvelse og næringslivets forpliktelser på avfallsfeltet.

Avfallsseksjonen ivaretar norske internasjonale forpliktelser på avfallsfeltet, og arbeider for at det utvikles et best mulig statistikkgrunnlag på avfallsfeltet. Konsesjonsbehandling av innsamlere og behandlingsanlegg for farlig avfall ivaretas av seksjon for anlegg for farlig avfall og lokal industriforurensning (LFI).