Havforskingsinstituttet eier tre forskingsfartøy, hvorav "G.O. Sars" som eies sammen med Universitetet i Bergen (UiB). I tillegg har instituttet ansvaret for driften av det NORAD-eide fartøyet "Dr. Fridtjof Nansen" som opererer langs vestkysten av Afrika, og for "Håkon Mosby" som eies av UiB. Forskingsfartøyene er de viktigste redskapene for innsamling av data innen ressurs og miljø.
