[MBI homepage] [History] [Staff] [Projects] [Teaching] [University of Bergen] [Science Faculty]
[KB101] [KB102] [KB201] [KB202] [KB203] [KB204] [KB205] [KB206] [KB207] [KB221] [KB222] [KB301]


Fra Høsten 2003 erstattes
KB207 - Anvendt Bioinformatikk

med det nye emnet

MOL204 - Anvendt Bioinformatikk
MOL204 vil i hovedsak tilsvare KB207 - men vil være litt mer omfattende.
Informasjon om det nye kurset komme på disse sidene (dvs. flyttes til ../mbi/mol204/ )

10 sp [høst]
[Lecture plan] [Curriculum] [Textbook] [Exercises] [Exam] [Web-material] [Web-Forum]

Last updated 21-Nov-2002.

KB207 - Anvendt bioinformatikk er et nytt studietilbud ved Molekylærbiologisk institutt fra høsten 1999. Den nærmest eksplosive produksjon av bioinformatiske data og behovet for å benytte bioinformatiske metoder i snart alle deler av molekylærbiologien har resultert i at instituttet har prioritert nettopp dette emnet. Ved Universitetet i Oslo er det også nettopp startet opp et lignende kurs; KJB492 - Bioinformatikk. For studenter med informatikk-bakgrunn, er også emnet I283 - Metoder i bioinformatikk aktuelt. Dette undervises ved Institutt for informatikk, UiB.

Kurset, høsten 2002, ledes av professor Rein Aasland . Førsteamanuensene Ingvar Eidhammer og Inge Jonassen fra Bioinformatikk-gruppen (Institutt for informatikk) deltar også i undervisningen.

På disse websidene finner du informasjon om kurset; forelesninger, kursoppgaver, lærebok og Webforum.

Dersom DU har ideer, forslag og kommentarer, - ser vi gjerne at du forteller oss!!!! Bruk f.eks. KB207 WebForum.


  Kursbeskrivelse
Innhold: Kurset skal gi en innføring i bruk av bioinformatiske verktøy, inkludert analyse av protein og DNA-sekvenser, databasesøk, parvise- og multiple sekvenssammenstillinger, prediksjon av sekundærstruktur, visualisering og analyse av proteinstrukturer, fylogenetiske tre. Teoretisk grunnlag for et utvalg av de sentrale metoder gjennomgåes.

Mål: Kurset skal gi molekylærbiologer praktisk opplæring i bruk av bioinformatiske metoder og informatikere skal få innsikt i aktuelle problemstillinger innen bioinformatikk..

Merknader: Kursets har begrenset kapasitet.
Men vi vil forsøke å legge opp kurset slik at en del av de som disponerer egen datamaskin knyttet til internett vil kunne få plass på kurset.
Jfr. Kurskatalogen --- eller denne kopi inntil Fakultetet setter opp sin side.

NEWS:
[12.5.2003]
MOL204 erstatter KB207 fra høsten 2003.

    EMNEPÅMELDING
    Det er vanlig emnepåmelding til kurset med frist 15. august 2002. Legg merke til at det er innført nytt system for emnepåmelding; - se Undervisningskatalogen.
  Forelesningsplan kommer her - [in PDF-format]
         Men du kan få et inntrykk av kurset ved å se på fjorårets plan!

Forelesninger: Onsdager 12:15 - 14:00 i Stort Auditorium, HiB (Rom 2144)
Første gang onsdag 4. september 2002 - og det er obligatorisk frammøte til første forelesning

jfr: Undervisningskatalogen H2001-KB207


  Exercises - see Lecture plan.

    Noen av øvelsene vil organiseres slik at hver student får oppgitt en sekvens (protein eller DNA) - denne sekvens skal så analyseres ved hjelp av www-baserte verktøy for sekvensanalyse slik at man kan besvare en rekke spørsmål knyttet til sekvensen.

    Advice on how to work with the Exercises. (by Karin Lagesen)



  Pensum høsten 2002 blir spesifisert fra:


David W. Mount (2001).
Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis
Cold Spring Harbor Press (NOK 770,- hos Studia)
[Publisher Info] [Innholdsfortegnelse] [website] ISBN: 0-87969-608-7

     i tillegg til kompendium for forelesning 3-5 og 7-8, noen artikler og obligatoriske oppgaver.
     Forelesningene er også en del av pensum.


     We recommend the following two books as support texts :

 
T.K. Attwood and D.J. Parry-Smioth (1999).
Introduction to bioinformatics
Pearson Education (ca. NOK 350,-)
[Publisher Info] [Innholdsfortegnelse] [website] ISBN: 0582327881
 

A.D.Baxevanis and B.F. Francis Ouellette (eds.) (1998).
Bioinformatics
A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins
John Wiley and Sons Inc (ca. NOK 400,-)
[Publisher Info] [Innholdsfortegnelse] [cover]


   World-Wide-Web materiale relevant for KB207


   KB207 WebForum
    Kurset kommer til å benytte Kark WebForum som diskusjonsforum!
    Her gir vi beskjeder til alle og dere kan utveksle erfaringer og stille spøl og alle kan være med å svare.
    Klikk her for å delta i KB207 WebForum!
   Eksamen holdes vanligvis tidlig i Desember (følg med på UiBs eksamensplan-side)
                Skriftlig 4 timer, Godkjent svar på obligatoriske oppgaver.

              KB207 exam - H1999 as PDF.

              KB207 exam - V2000 as PDF [in norwegian only]
              KB207 exam - H2000 as PDF

              KB207 exam - V2001 as PDF [in norwegian only]




Merk: noen av dokumentene er lagt ut som PDF-filer. Disse inneholder både tekst og biler i farger og kan leses og skrives ut med programmet Acrobat Reader. -- se også ELINE@UiB sine bruksanvisning for installasjon og bruk av Acrobat.







[MBI homepage] [History] [Staff] [Projects] [Teaching] [University of Bergen] [Science Faculty]

These pages are edited by Rein Aasland
This page was created 30-April-1999 by Rein Aasland.