Masteroppgaver i biokjemi - Temaområde B

Studieveilederen

Masteroppgaver ved Protein Engineering and Proteomics (PEP) gruppen ved IKBM 2004 – 2006.

Kontaktperson: Professor Ragnar Flengsrud, IKBM

Proteomics: Preparering av proteiner fra polyakrylamidgeler til analyse i massespektrometer (MALDI-TOF)

Massespektrometri er i økende grad benyttet til analyse av proteiner. De nyeste metodene baserer seg på MALDI-TOF med LIFT-teknikk som gjør det mulig å finne sekvenser og dermed identifisere proteiner. Dette kan gjøres både fra rensede preparater og komplekse blandinger og er dermed en sentral del av proteomics.
Strategien for en slik analyse ser nå slik ut: proteinene separeres og påvises ved polyakrylamidgel elektroforese, proteinene splittes av et enzym (oftest trypsin) og peptidene elueres fra gelen, renses og analyseres vha MALDI-TOF.
Prepareringen av proteinet for analyse, dvs. eluering og rensing, er uhyre viktig og kan være helt avgjørende for analysen.
Et alternativ er å eluere proteinene hele. Dette er vanskeligere fordi utbyttet kan bli betydlig lavere, men gir også flere muligheter fordi proteinets totale MW kan bestemmes, tradisjonell (Edman-)sekvensering kan utføres og proteinet kan spaltes etterpå på forskjellige måter. Dette har betydning hvis proteinets gen ikke er kartlagt og er en mer framtidsrettet metode fordi proteinets totale MW vil bli viktig i identifiseringen og fordi nye sekvensmetoder vil kunne benyttes uten peptid-separering. Og det vil allerede nå være et vesentlig alternativ til dagens metode.
I flere år har jeg arbeidet med eluering av hele proteiner fra geler og vet mye om hva som er gir bra og dårlig utbytte.
Nå gjenstår arbeidet med å rense proteinene etter eluering.
Innledende forsøk har vært lovende.
Arbeidet vil gi innføring i gelelektroforese (1-D og 2-D), kromatografi og analyse av forskjellige proteiner på den nye MALDI-TOF med LIFT-teknikk med tolkning av resultatene.


Heparin-bindende proteiner i human plasma
I et prosjekt med Bioparken, Ås og Aker universitetssykehus fraksjoneres og analyseres heparin fra fisk. Heparin er et legemiddel som brukes til å kontrollere blodets koagulasjon hos pasienter med en rekke kardiovaskulære sykdommer. Det virker først og fremst gjennom reaksjon med antitrombin III og koagulasjonsfaktor Xa, men reagerer også med en rekke andre proteiner i blodet. Dette har relevans for det som kalles de polyterapeutiske egenskapene til heparin og som er mindre klarlagt. Det er derfor av stor interesse å få oversikt over alle proteinene som heparin reagerer med. To-dimensjonal elektroforese av proteiner og analyse av disse i massespektrometer (MALDI-TOF) er en kombinasjon som vil gi mye informasjon. Det kan sammenliknes med bindingen til kommersielt heparin og forskjellige typer fraksjonert heparin.
Oppgaven vil gi læring i sentrale deler av proteomics (to-dimensjonal elektroforese og massespektrometri) og dessuten affinitetskromatografi og blodkoagulasjon.





Oppdatert: 10.02.05
Utskriftsvennlig versjon : Arkiv : Tips en venn