Forskningen ved instituttet spenner over et stort område ut fra den enkelte vitenskapelig ansattes forskingsområder og interesser. Følgende liste gir en oversikt over disse.
Instituttet har tilknytning til Bioetisk forskergruppe som er en tverrfaglig sammensatt forskergruppe ved NTNU engasjert i bioetiske spørsmål av både medisinsk og ikke-medisinsk art. Gruppen har flere stipendiater og har blant annet hovedansvaret for seminarserien Bioetisk forum. Program for Anvendt etikk er et tverrfaglig program ved Filosofisk institutt som skal utvikle kompetansen i etikk blant ansatte og studenter ved NTNU. Tverrfaglighet skal være en ledestjerne i programmet. "Anvendt etikk" defineres som et møte mellom flere fag, der ulike former for fagkompetanse og etikkompetanse møtes. Aktiviteten forekommer størst innen medisinske og bioteknologiske forskningsmiljøer, men også innen mediefag og IT- / teknologifag pågår mange aktiviteter der etikk står sentralt.