Tiltak i sedimenter krever alltid spesiell tillatelse fra forurensingsmyndighetene. Fylkesmannen kan gi tillatelse til mudring og deponering av sedimenter innenfor grunnlinjen (kystens ytterpunkt ved lavvann) uavhengig av forurensningsgrad. I spesielle tilfeller vil SFT være myndighet og behandle søknader om tillatelse til mudring og deponering i sjø.