Gammelt krigsmateriell, avfallsdeponier, kommunale avløp, industri og skipsindustri har vært og er fremdeles viktige kilder til forurensning.

Miljøgifter i sjømat har ledet til at Mattilsynet har fastsatt kostholdsråd for Harstadområdet.

Harstad kommune har som mål at kostholdsrådet på fisk skal oppheves innen 10-15 år (fra 2005).

Kommunen vil i 2008/2009 gjennomføre en omfattende undersøkelse som skal danne grunnlag for prosjektering av utslippsbegrensede tiltak for en del aktive utslippskilder og for prosjektering av kostnadseffektive opprydningstiltak for forurenset sjøbunn. Opprydningen vil bli koordinert med en eventuell farledsmudring i regi av Kystverket, jamfør nasjonale transportplaner.

Harstad havn. Kart: SFT. (Klikk på bildet for stor versjon.)