På bakgrunn av forurensningen er det fastsatt kostholdsråd og omsetningsforbud i deler av fjorden.

I indre fjord ved aluminiumverket er PAH-forurensing det største forurensningsproblemet. Tilførselen av PAH til fjorden er i dag betydelig redusert, og Sunndalselva leder også med seg rene masser som med tiden naturlig vil tildekke de PAH-forurensede områdene.

I Rausandområdet har tungmetaller og PCB ankommet fjorden som følge av avrenning fra land fra gruven og utslipp fra Aluvest (nå Alumox). Det arbeides nå med å vurdere utslippsreduserende tiltak i Rausandområdet samt kartlegging av kilder som gir utslipp til fjorden.

Ved aluminiumverket planlegger Norsk Hydro farledsmudring inn til industrikaia for å kunne ta inn større skip. Det er viktig at denne sterkt forurensede sjøbunnen håndteres forsiktig.

Kommunene i Sunndalsområdet har som mål at forurensningen i vann og sjøbunnen skal bedres, slik at det innen 15 år ikke lenger er nødvendig med kostholdsråd for Sunndalsfjorden.

Sunndalsfjorden. Kart: SFT. (Klikk på bildet for stor versjon.)