Bioetanol og biodiesel produseres fra olje-, sukker- eller stivelsesrike jordbruksvekster. Etanol blir hovedsakelig produsert av sukker fra sukkerrør og sukkerroe. Stivelse fra mais, hvete og poteter brukes også. I Europa blir biodiesel hovedsakelig basert av rapsolje. Biodiesel produseres også av soya- og palmeolje, samt brukt matolje og -fett. Biodiesel er en dieselerstatning, og kan brukes i ren form eller blandes med diesel. I framtiden vil det komme syntetisk framstilt biodiesel, blant annet laget av tømmer. Tømmer og annet trevirke kan også brukes til å fremstille bioetanol.